伪同治七年（1868）四月，乌苏里江东南青岛（今阿斯科尔德岛）爆发中国淘金工人反抗沙俄殖民者的迫害和驱逐的武装起义。四月初九日，沙俄派水兵登岛镇压，被早有的起义群众消灭过半。后沙俄又从海参崴调来西伯利亚舰队围攻青岛，起义者被迫转移。撤到大陆后，起义群众不断主动袭击沙俄侵略者，相继烧毁黄岛、石庙子、蛤蟆塘一带俄卡，将守卡俄兵全部消灭。起义者联合苏城等地人民，扩大抗俄武装，队伍迅速扩大至三千人，并得到当地各族人民的普遍支持和响应，且声称要攻破海参崴，迫使沙俄不得不宣布滨海一带处于战争状态，调动大批军队进行镇压。一个月后，青岛人民抗俄起义失败了，但整个乌苏里江以东地区中国各族人民的抗俄斗争并未停止，他们采取各种手段对侵略者进行打击、骚扰，使沙俄在相当长的时间里未能对该地区实现有效的统治。

六月初九日，以清政府“办理各国中外交涉事务大臣”头衔率使团出访各国的美国前任驻华公使蒲安臣，在美国华盛顿与美国国务卿西华德擅自签订《中美续增条约》（即《中美天津条约续增条款》，也称《浦安臣条约》）。共八条，主要内容为：一、中国于原订贸易章程外，欲与美国商民另开通商、行船之路各事，均得自订章程，但不得违反原约规定。二、清政府得在美国各埠设置领事，美国当照各国例予以优待。三、两国人民在对方国内都不得因宗教不同而受到歧视。四、两国人民前往对方游历、居住。皆照最惠待遇办理。五、两国人民皆可在对方进入大小官学，并受最惠待遇；皆可在对方设立学堂。六、美国“向不赞成”无故干预别国内政，将来办理各种制造事业需外国帮助时，美国自愿襄赞。该条约的签订，为美国扩大掠卖华工，加强对中国的文化、宗教侵略提供了方便。同治八年十月双方在北京交换了条约批准书。

六月二十八日，西捻军败于山东茌平徒骇河，全军覆没。先是，同治五年十二月，西捻军在陕西灞桥十里坡大败清军。进逼西安。清军总兵刘松山率湘军来援。西捻军遂撤离西安，于同治六年二月到达渭北回民起义军活动地区。为粉碎左宗棠坚壁清野战略，冲破清军围堵，西捻军在该年九月间进军陕北。连克安寨、延川、绥德等城。并大败刘松山。杀其部将李祥和。十一月，得东捻军被围消息，西捻军立即东进。十一月二十二日突破清军黄河防线，经山西、河南进入直隶，同治七年一月直逼北京西南卢沟桥，计划进攻北京以吸引清军主力，解东捻军之围。清廷急命恭亲王奕欣会同神机营王大臣办理巡防事宜，又命钦差大臣左宗棠总统直隶境内各路清军防堵西捻军。西捻军因孤军深入，遭到清军包围。二月二十三日饶阳一战，幼沃王张禹爵、怀王邱远才等战死，遂渡滹沱河南下。三月二十五日进入山东，后转战于直晋交界一带地区，并一度进逼天津。清廷命左宗棠严防直晋交界，李鸿章严防直鲁交界，又派钦差大臣都兴阿赴天津等处，会同左宗棠、李鸿章进攻西捻军。西捻军寡不敌众，被围于黄河、运河、徒骇河之间。六月二十八日在平南镇一战，西捻军全军覆没，仅梁王张宗禹率十八骑冲出重围，不知所终。至此，坚持十六年，纵横八省的捻军起义最后失败。

八月，中国自制的第一艘木质明轮蒸汽军舰“恬吉号”（后改“惠吉号”）下水。先是，同治六，江南制造局造船厂建成，并修建了一座长一百米的船坞，同时由机器厂和锅炉厂分别制造船用机器和锅炉。“恬吉号”即为该厂以自制的机器和锅炉用了不到两年时间建造而成的，该舰长一百八十五尺，宽二十七点二尺，排水量六百吨，马力三百九十二匹，吃水八尺，备炮九门，当“恬吉号”军舰在黄浦江举行下水试舰仪式时，上海全市为之轰动，欢庆我国第一艘明轮蒸汽军舰试航成功。

因西北边疆动荡不安，清政府派左宗棠西征。左宗棠到陕西后，全力镇压回民起义。同治八年（1869）八月，提督刘松山率老湘军从陕北绥德进攻花马池（今宁夏盐池），到吴忠堡，又围金积堡。同治九年，刘松山之侄刘锦棠统率老湘军力攻，十一月十六日，占领金积堡。同治十二年，回军首领马文禄战败降清，随即被处死。白彦虎率部逃往新疆。至此，陕甘回民起义失败，左宗棠安定了陕甘地区。当时，新疆成为浩罕、俄、英三国角逐的战场，随时有被瓜分的危险。光绪元年（1875）三月，清廷任命左宗棠为钦差大臣督办新疆军务。光绪二年（1876）二月，左宗棠任命刘锦棠为前敌统领，率清军分三路入疆。到九月中旬，新疆北路全部收复。清军平定北疆的分裂割据势力后，刘锦棠于第二年（1877）又率军南下。三月十三日，张曜、徐占彪与刘锦棠军一同攻克吐鲁番，清军收复吐鲁番全境，阿古柏自杀。光绪四年（1878）提督董福祥收复和阗。至此，除伊犁外的新疆领土，全部由清军收复。左宗棠西征，既安定陕甘，又使新疆免于沦为殖民地。清廷终于控制住了西北地区的局势。光绪十年（1884）新疆建省，第一任新疆巡抚是刘锦棠。

刘锦棠（1844～1894），字毅斋，湖南湘乡人，生于鸦片战争后的1844年。父亲厚荣、叔父松山，都是湘军中的军官。刘锦棠10岁时，其父因镇压太平天国农民起义而[1]丧生。成年后[2]。投入叔父所在的湘军，随同叔父镇压太平军和捻军，为朝廷立下汗马功劳，积勋至州同、巡守道，还获得了“法福灵阿巴图鲁”的荣誉称号。

1844年（道光二十四年）出生于湖南湘乡的一个农民家庭。他的父亲刘厚荣参加湘军，在岳州（今岳阳）被太平军击毙。从“报其父仇”的目的出发他15岁时投入刘厚荣生前所部。此后随其叔父刘松山转战于江西、安徽、陕西等地，参与镇压太平军和捻军，积功至道员，成为老湘军中后起的年青将领。

在太平天国起义的影响下，陕西。甘肃等地回民相继举行起义。屡败清军。1867年（同治六年），清廷以左宗棠为钦差大臣督办陕甘军务，率兵镇压回民起义军。1869年6月，清军兵锋直指甘肃义军的重要基地金积堡。左宗棠以刘松山老湘军为主力。对金积堡地区发起猛烈进攻。由于回民起义军积极防御作战。清军粮运不继。进展缓慢。1870年2月14日，老湘军统领刘松山被义军击毙，清军士气大挫。为了应付危局。左宗棠起用当时任老湘军营务总理的刘锦棠代理统领。并提出了“坚守”与“退屯”两种方案供其选择。刘锦棠审时度势，认为“坚守”、“退屯”均不可取，力主继续进攻。他向左宗棠建议说：“吾军深入乏食，不力战，贼即乘我，灵州旦暮失，大局不可支矣”，“必戳力致死，而后军可全。”这一意见得到了左宗棠的赞同。

因为刘锦堂颇具才气，所以才坐上了新疆总督之位。

刘锦棠以武职出身而担当了新疆疆第一任巡抚，虽然任巡抚的时间不长，但也在新疆生活了十多年。从收复新疆到包括新疆建省在内的一切军事活动和善后事宜，都是他一手经办的。这些历史功绩是无法抹煞的。

1869年三月十六日，中俄签订改订俄人陆路通商章程，共二十二条，将原规定运往天津的俄国货物在张家口“酌留十分之二”改为“酌留若干”，允许俄商在蒙古各地任便贸易，一概免税，并不限于“小本营生”。

五月初五日，贵州遵义府居民因不满教会欺压，打毁法国教堂、学堂、医馆等，杀死教士赵司铎，并传知府属，不准再行习教。事发后，八月二十九日，法国公使公淑亚致函总署，要求撤调、审讯贵州巡抚曾璧光。九月初五日，清廷命李鸿章负责查办遵义教案。后因李鸿章忙于镇压回民起义，同治九年（1870）五月，清廷又命成都将军崇实驰赴贵州，与曾璧光一同办理此事。直到十一月二十九日，遵义教案才彻底清结，中国赔银七万两。

九月十九日，中英签订《中英新定条约十六款》、《新修条约善后章程十款》及税则十条。主要内容为：开放温州、芜湖为商埠；英国之洋布、大呢、洋绒等进口时正子两税一并完纳，在通商口岸省份，均免重征；英商从中国内地买土货出口，沿途交纳税金，其税额如超过子口半税，超过部分发还英商；英商可雇用中国木船在内河行驶，装运货物；九江关备轮船一艘，拖带鄱阳湖一带的货物；英商修理船只、船坞，物料免税；中国进口鸦片，每百斤增税至五十两，出口生丝，按值百抽五征税等。这一条约因英商反对，英国政府未予批准。

同年初，法国天主教教士韩石贞（plerrehende）、英国内地会教士密道生、卫养生等进入安庆后，以低价强购民房，改为教堂，引起群众不满。五月，湖南反教揭帖传到安太，时值府院考试，安庆府各地文武考生云集一直，情绪激昂。九月间，考场附近贴出揭帖，约期拆毁教堂。九月三十日，英教士密道生、卫养生乘轿往府署，要求查办。群众和考生愤起阻拦，武举王奎甲率众捣毁西右坊、东右坊英法教士住所。密、卫二人避入府署呼救，韩石贞连夜乘船逃往上海。十月初三日，英、法驻华公使阿礼国、罗淑亚共同对清政府进行要挟、恫吓，罗淑亚还与法国水师提督率兵船六艘赴沪。又以四艘赴南京，以两艘经安庆、九江至汉口查办教案。清政府当即命两江总督马新贻等迅速结案。马对罗淑亚的无理要求一一答允；指拨城内官地或仓廒衙署之类为教会堂基；赔偿损失四千元；惩办“肇事首犯”；重申保护教士，申斥护教不力的安庆各级官吏。

1870年，4、5月间，天津发生多起儿童失踪绑架的事件。6月初，天气炎热，疫病流行，育婴堂中有三、四十名孤儿患病而死。于是民间开始传言怀疑外国修女以育婴堂为晃子，实则绑架杀死孩童作为药材之用。6月20日，一名被居民扭送官府的匪徒武兰珍口供中又牵连到教民王三及教堂。于是民情激愤。士绅集会。书院停课，反洋教情绪高涨。6月21日清晨，天津知县刘杰带人犯武兰珍去望海楼天主堂对质，发现该堂并无王三其人。也没有武兰珍所供的席棚栅栏。谢福音神父也已经与崇厚协商育婴堂善后处理办法。但当时已经有数千群众包围了教堂。教堂人员与围观的人群口角起来。引起抛砖互殴。法国驻天津领事丰大业（henryfontanier，1830年-1870年）要求总督崇厚派兵镇压，没有得到满意的结果。在前往教堂的路上，与知县刘杰相理论，怒而开枪，不幸打死了知县的仆人，民众激愤之下先杀死了丰大业及其秘书西门，之后又杀死了10名修女、2名神父、另外2名法国领事馆人员、2名法国侨民、3名俄国侨民和30多名中国信徒，焚毁了法国领事馆、望海楼天主堂、仁慈堂以及当地英美传教士开办的4座基督教堂。破坏行动持续了3小时。6月24日，外**舰来到天津，七国公使向总理衙门抗议，而以法国为首。法国方面最初要求处死中国负责的官员，清朝方面派出直隶总督曾国藩来调查并与法国方面交涉，当时朝廷中的官员多数认为不要对其退让，不惜一战，情势紧张。曾国藩考量当时局势，不愿与法国开战，首先对英国、美国、俄国作出赔赏以使最后能单独与法国交涉。随后经他调查之后，“确认”育婴堂并无诱拐伤害孩童之事，于是在法国的要求下，商议决定最后处死为首杀人的18人（马宏亮、崔福生、冯瘸子等，行刑之日是10月19日），充军流放25人，并将天津知府张光藻、知县刘杰被革职充军发配到黑龙江，赔偿外国人的损失46万两银，并由崇厚派使团至法国道歉。而法国因随后发生了普法战争，无力注意东方事务，因此接受了这个条件。