九月三十日，太后那拉氏与恭亲王奕欣等在北京发动政变，从肃顺等“赞襄政务八大臣”手中夺取了朝政大权。载淳即位后，其生母慈禧太后那拉氏对辅政八大臣不甘雌服，遂联合慈安太后钮祜禄氏与肃顺等八大臣争权，并暗中与在京的恭亲王奕欣等进联系。八月初，奕欣在与外国侵略者取得默契后，以奔丧为名，赶至承德避暑山庄，与那拉氏等密商后返京进行政变布置。九月二十三日，咸丰帝灵柩自承德起运回京。那拉氏故意让肃顺负责护送，自己同钮祜禄氏及小皇帝由其他七大臣等扈从先行回京。二十九日，那拉氏等到京，于当日召见奕欣，次日发动政变，将载垣、端华等革职拿问，同时派人逮捕了尚在密云途中的肃顺。十月初一日，封奕欣为议政王，在军机处行走。初五日改祺祥年号为同治。初六日命将载垣、端华赐自尽，肃顺斩首示众，景寿等五人或革职或遣戍。十一月初一日，那拉氏与钮祜禄氏在养心殿正式垂帘听政。由于钮祜禄氏性情“和易少思虑”，不愿多问朝政，朝廷大权遂落入那拉氏一人之手，从此直到光绪三十四年（1908）去世，她掌握清朝最高权力达四十余年。

太后那拉氏与恭亲王奕欣等联合发动政变，逮捕了护送咸丰帝灵柩于密云途中的“赞襄政务王大臣”肃顺，于十月初六日绑缚菜市口斩首示众，终年四十五岁。肃顺字雨亭。一字豫庭，清朝宗室，郑亲王端华之弟。咸丰初以敢于任事渐受重用，官至御前大臣、协办大学士户部尚书。主张重用曾国藩、胡林翼、左宗棠等汉族官僚镇压太平天国。第二次鸦片战争期间，对前大学士耆英参与议和深恶痛绝，具疏请予正法。后与俄国公使伊格纳切夫谈判，严词拒绝沙俄对我国乌苏里江以东的侵略要求。在咸丰帝的支持下，肃顺大力整顿吏治，惩办贪污。戊午科场案，力主将主考官、大学士柏葰斩首。以振纲纪；又疏劾户部宝钞处与官票所官吏和不法商人因缘为奸。交通舞弊，籍没官吏、商人数十家。由于肃顺办事不讲情面，且恃宠而骄，目无余子。所以引起朝内外一些人的嫉恨。咸丰十年。英法联军进逼北京。肃顺随咸丰帝逃到承德避暑山庄，并于咸丰帝临死前受命为赞襄政务王大臣。对那拉氏的争权夺势，肃顺与其它顾命大臣一起进行了坚决反击。以致双方矛盾日趋尖锐，终于酿成“辛酉政变”，肃顺被杀。

曾国藩在安庆设立安庆内军械所，也称内军械所，制造火药、子弹、炸炮等，用于镇压太平天国革命。是为中国最早的官办制造近代武器装备的军事工厂。厂内“全用汉人，未雇洋匠”，规模较小，以手工制造为主。同治元年（1862），著名科学家徐寿、徐建寅父子与华蘅芳、华世芳兄弟等人一起，在安庆内军械所试造蒸汽舰船，经过数年努力，首先制成我国第一台蒸汽机。并在此基础上于同治四年造成我国自行制造的第一艘蒸汽轮船，命名为“黄鹄”号。同治三年清军攻陷南京后，内军械所由安庆迁至南京，次年改建为金陵机器制造局。

曾国藩在安庆设立内军械所，标志着中国近代史上洋务运动的开始。先是，第二次鸦片战争后，外国殖民势力对中国的政治、经济、文化侵略进一步加深，为综理一切和外国交涉事务及与有关的各项“洋务”，清政府特于咸丰十年底设立总理各国事务衙门，并随之设立南洋、北洋通商大臣。从此，办理“洋务”渐成为清政府政治、经济活动中一项重要事务，而积极倡导、兴办各各“洋务”的奕欣、曾国藩、李鸿章、左宗棠、刘坤一、张之洞等人即成为洋务派的主要代表人物。他们企图通过学习西方近代科学技术和政治、经济、文化等方面的某些制度办法，维护清朝的封建统治秩序。所以，洋务派优先考虑的目标是“强兵”。为镇压太平天国和捻军起义，洋务派自六十年代初开始在天津、上海、广州、福州等地聘用外**官，购买洋枪洋炮和一些船舰训练、装备清军，同时创办军事工厂，自己制造枪炮子弹和轮船。自安庆内军械所设立后，洋务派在山东、湖南、湖北、江苏、福建、上海、直隶、四川、甘肃等地先后创办了大批军事工业，其中最重要的有：江南制造总局、金陵机器局、福州船政局、天津机器局、湖北枪炮厂等等，皆属于官办工业企业。为了培养洋务人材，清政府还在北京、上海和广州等地设立同文馆、西学馆，并派遣留学生出国学习。随着军事工业的不断增加，所需经费、原料、燃料、运输等日益紧张，于是，洋务派又在“求富”的口号下自七十年代至八十年代兴办了一批民用工矿企业和运输业。其中最著名的有：上海轮船招商局、基隆煤矿、开平矿物局、天津电报局、兰州制呢局、上海机器织布局、湖北铁政局、湖北织布局、天津至山海关铁路等等。此类企业中，有官办、也有官督商办、官商合办，属于规模较大的近代资本主义企业，但带有浓厚的买办性和封建性。另外，洋务派还购买和投靠了大批军舰，创建新式海军。中法战争前，清朝海军包括北洋水师、南洋水师和福建水师三部分。光绪十一年（1885），清政府成立海军衙门，管理一切与海防有关的事务。洋务派举办“新政”，标榜“求强”、“求富”，却坚持与人民为敌，过分依赖洋人，终于在中法、中日战争中遭到彻底失败，但其所办军事、民用企业。对中国近代工业的产生和发展起到了倡导的作用。

伪咸丰十一年至伪同治元年（1861－1862），英、法、美、俄等国驻华公使根据《北京条约》规定，相继入驻北京，在东交民巷一带设立第一批公使馆。建立外交关系的国家间互换使团本为正常之事，但因当时的清朝是半殖民地国家，外国侵略者通过不平等条约取得公使驻京的权力，却具有完全不同的性质。其目的和作用，用美国公使伯驾的话来说，就是为了更好的“驾驭”中国政府，来到它的身边。[www.mhtxs.info 超多好看小说]使它“变得驯顺多了”。因此。外国公使在北京自居征服者地位，以不平等条约为护身符，对清政府进行外交讹诈，扩大其在华侵略特权。干涉中国内政。光绪二十六年（1900）八国联军攻陷北京后。更公开划定使馆界。驻兵防守，禁止中国人在使馆界内居住、通过，中国政府不能在界内行使主权。并于使馆界四周修筑高墙，设置炮位、枪眼，俨然成了北京城内侵略者的兵营和“国中之国”。

此时，满清统治着也有了点破罐子破摔的意思了，伪同治元年（1862）正月初十日，慈禧太后那拉氏以同治帝名义发布上谕，正式宣布了清廷“借师助剿”的决策。早在咸丰二年（1852）太平军进攻楚南时，就有人提出请洋人派“火轮船入江助剿”的建议，因两江总督沿江阅兵而中止。次年太平军兵临南京，上海道吴健彰奉巡抚杨文定之命，向上海美、英、法领事乞援，要求外国兵船开入长江，帮助清军驻守南京。其时外国侵略者因尚未摸清太平军虚实，不愿冒然表态，是以未曾答应。第二次鸦片战争前，美国在英、法支持下，曾以“助顺剿逆”为条件，向清廷提出修约要求，战争结束后，各国侵略者再次向清廷明确表示愿意助其镇压太平天国革命。咸丰十年九月，《北京条约》刚一签字，法使葛罗即向恭亲王奕訢表示，法国所有船只兵丁愿悉听调遣，帮助清廷“攻剿发逆”。俄使伊格纳切夫也提出愿为清军“教铸枪炮”，并派兵镇压太平军。咸丰十一年（1861），英、美两国也先后提出愿助清廷“压平内乱”。对此，清廷中许多实力派大臣极表赞赏。奕訢、曾国藩、薛焕等相继向朝廷建议“借师助剿”。是年十一月，太平军攻克宁波、杭州，十二月再次进攻上海，终于使清廷下了最后的，作出“借师助剿”的决策。从此，中外反动派公开勾结在一起，对太平天国革命进行残酷镇压。

伪同治元年（1862）正月，李鸿章练成淮军。先是，咸丰三年（1853）正月太平军攻入安徽时，安徽团练大臣吕贤基奏调编修李鸿章襄办军务，在安徽办理团练。是年十月，吕贤基被太平军击毙，李鸿章也多次败北，遂于咸丰八年冬投入曾国藩幕府。咸丰十一年冬，李鸿章在曾国藩保荐下赴淮南募集当地刘铭传、潘鼎新、张树声、周盛波、吴长庆军部地主团练武装编练淮勇。次年正月练成，由李鸿章率领开到安庆，与原湘军程学启、郭松林部合并，号称淮军，约七千人，其编制、营规皆与湘军同。三月，李鸿章率淮军由安庆乘英国轮船开赴上海，置大营于近郊新桥，勾结英法干涉军、华尔洋枪队在奉贤、松江、青浦一带抗拒太平军，并采取“剿抚兼施”策略向太平天国苏南地区反扑。十二月，李鸿章招降常熟、昭文、太仓一带太平军守将，会同“常胜军”攻陷太仓、昆山等地。同治二年十月攻陷苏州、无锡。次年二月夺取浙江嘉兴，四月攻陷江苏常州、丹阳。六月天京陷落后，李鸿章率淮军配合湘军攻取浙江湖州，继赴安徽、江西、福建等地镇压太平军余部。在镇压太平天国过程中，李鸿章大量购置洋枪洋炮，雇用外**官装备、训练淮军，逐渐扩充至六、七万人。同治五年至同治七年，李鸿章率淮军在山东、河南、湖北、江苏和直隶地区镇压了东、西捻军。同治十一年李鸿章任直隶总督后，先后抽调淮军军官赴德国学习，并在天津设立水师学堂、北洋武备学堂，培养淮系将领。使淮军成为中国第一支新式装备的武装力量，并形成了在清末政治生活中占重要地位的淮系政治集团。光绪十年（1884），淮军将领张树声、潘鼎新等在中法战争中兵败被革职，光绪二十年中日战争中，淮系将领丁汝昌指挥的北洋海军和叶志超、卫汝贵等部淮军均遭惨败，淮军势力渐衰，其地位逐渐由袁世凯新式陆军所代替。