此时，在太平天国影响下，全国人民的反抗斗争处于**，加之洪秀全起用李秀成、陈玉成等一批年轻将领，才使军事形势没有发展到恶化的地步。

1858年初，清军重建江南、江北大营，再次围攻天京。为解京围，后军主将李秀成请命出京，与前军主将陈玉成在安徽枞阳举行会议，确定作战方略。

会后，陈玉成率部首先攻占庐州，后南下会李秀成部，于1858年9月27日攻破位于浦口的江北大营。此时，湘军自湖北两路东犯，南围安庆，北攻庐州。湘军悍将李续宾率5000之众于11月3日进抵庐州南面的三河镇，陈玉成得报，约李秀成等部先后赴援，在三河外围全歼李续宾部，并乘势收复舒城、桐城等地，迫使进围安庆的湘军撤回湖北。

1860年初，江南大营再次合围天京。忠王李秀成与干洪仁玕商定采取“围魏救赵”之策，解救京围。2月10日，李秀成率2万余人经皖南入浙，攻占杭州，诱使江南大营分军往救。俟清军援兵抵杭，即弃城昼夜兼程北返。4月下旬，各路太平军进抵天京外围。5月2日，再破江南大营。旋乘胜东征，连占句容、丹阳、常州，6月2日占领苏州。接着进军上海，因内应被破坏，又遭英法侵略军阻击，未能得手。正当太平军进攻上海之际，清两江总督曾国藩、湖北巡抚胡林翼督率湘军水陆师5万余人东下进围安庆。9月，洪秀全调集大军，西上救援。陈玉成率军走江北，李秀成率军走江南，约定次年4月“合取”湖北，迫使湘军回救，以解安庆之围。

1861年3月，陈玉成占领湖北黄州，由于受到英国侵略者恐吓阻挠，停攻武汉，4月下旬返回安徽。李秀成部迟至6月才抵武昌外围，得知陈玉成部先回安徽，也东返浙江。“合取湖北”计划彻底落空。此后，洪秀全增调兵力，三次强攻围困安庆之敌，均为湘军所败。9月5日，安庆被湘军攻陷。陈玉成坐守庐州，束手无策。

1862年初，派扶王陈得才、遵王赖文光等赴河南、陕西招兵，皖北兵力更加单薄。李秀成率部再次进军上海，因英法侵略军与清军联合抵抗，未能得手.4月至5月间，署江苏巡抚李鸿章率淮军6500人自安庆分抵上海，东线军事形势日渐严峻。5月，荆州将军多隆阿率清军来攻，陈玉成弃城走寿州，为团练头子苗霈霖诱擒，解送清营遇害。天京西部防线瓦解，东南方面却有所发展，太平军于年底攻占杭州及浙江大部地区。

1862年3月下旬，湘军水陆师2万余人从安庆沿江东下，5月底直抵天京城郊。洪秀全急令在上海前线督战的李秀成火速回援。9月，李秀成等“十三王”统率10余万人自苏州等地回救，急攻40余日，未能取胜。

不久，洪秀全又责令李秀成率部“进北救南”，企图取道江北西入湖北，迫使围城湘军回救。李秀成部在西进途中遭湘军节节阻击，进至安徽六安被迫折返，途中又遭湘军拦截，损失精锐数万。

与此同时，李鸿章淮军在“常胜军”支持下，由上海西进，于1863年12月攻陷苏州、无锡，兵锋直逼常州。浙江巡抚左宗棠率部自江西攻浙江，于1864年3月攻陷杭州，并基本占领浙江全省。曾国荃部湘军则逐一攻占天京城外要点，对天京形成合围。苏州陷落后，李秀成自前线返回天京，建议“让城别走”，遭洪秀全拒绝，乃布置死守。

1864年6月，洪秀全病逝，幼天王洪天贵福继位。1864年7月19日，湘军轰塌天京太平门附近城墙10余丈，蜂拥入城，其他方向的湘军也缘梯而入，城内太平军或战死，或**，无一降者。

天京的陷落，标志着太平天国农民战争的失败。但分散在长江南北各个战场上的数十万太平军，仍英勇顽强地抗击清军的进攻。

天京城破后，李秀成带幼天王突围而出，不久失散。1864年7月22日，李秀成被俘，8月7日被害。

幼天王在江苏东坝与洪仁轩相遇，经浙江进入江西，10月分别被俘，11月在南昌遇害。

活动于江苏、浙江、安徽南部的太平军，在侍王李世贤、康王汪海洋等带领下，转战于江西、福建、广东，最后于1866年2月在广东嘉应州（今梅州）被清军击灭。

远征陕西的陈得才、赖文光等部太平军，在回救天京途中，于1864年11月在湖北、安徽境内为清军所败，余部由赖文光率领与捻军合编，坚持反清斗争，直至1868年失败。

太平天国革命发生在中国进入近代社会的初期，它既是单纯的农民战争，又带有旧资产阶级民主革命的性质，可以说是中国近代史上旧民主主义革命的序幕。它颁布的《天朝田亩制度》，把农民平均主义思想发展到了顶峰。从形式上看，清王朝的统治还延续了近半个世纪，但在这半个世纪中，中国人民受到了太平天国革命的影响和鼓舞，一直没有停止过对封建王朝的斗争，半个世纪后终于爆发了辛亥革和谐命。

太平天国革命是中国历史上规模最大的农民革命，从1851年起共坚持了14年，势力扩展到17省，有力地打击了清王朝的封建统治和外国的侵略，促进了封建社会的崩溃，阻止了中国殖民化的进程，在中国历史上留下极其重要的一页。

但是太平天国运动失败的教训同样是非常深刻的。它同所有失败的农民起义一样，没有远大的战略眼光（如陈胜、吴广起义、绿林起义、赤眉起义、黄巾农民起义、隋末农民起义、黄巢起义、明末李自成、张献忠农民起义），这场由千百万群众参加的伟大战争，由于领导集团政治上过早的封建化，组织上不能始终保持领导核心的团结，军事上战略决策一再失误，以及外交上缺乏经验，太平天国所鼓吹的“同教一家”，使其领导人没有真正认识到列强的实质，最后遭到内外镇压，陷于失败。

关于太平天国运动的性质，后世的史学界存在着明显的分歧，归纳起来，大致有以下两种：

第一种，认为是一场旧式农民革命。如刘大年在《中国近代史研究中的几个问题》一文中说：“太平天国期间封建经济占统治地位，社会生活中最普遍、最突出的是农民和地主的矛盾”，而“参加太平天国运动的群众是旧式农民战争中的群众。”因此，“太平天国是旧式农民革命的顶峰。”

第二种，认为带有资产阶级革命性质。如郭毅生在《略论太平天国革命的性质》一文中提出：太平天国革命无可非议的是农民战争，以农民作为革命的主力，但它爆发于中国开始进入半封建半殖民地社会之后，崛起于经济较为发达、中西交通频繁的两广，“此时社会各阶级已发生了新的变化，农民已不是中世纪的封建农民，他们具有资产阶级民主派的特点，农民以外还有新兴的市民等级，这一社会力量投入革命斗争中，成为其核心和骨干。”如“杨秀清、萧朝贵、秦日昌等人便是无产阶级分子杰出代表”（此等人作者认为属于市民等级，编者注）。“因此，就不能不使得太平天国革命具有了迥异于以往单纯农民战争的许多特点，其中如政治纲领中提出的平等观念，否定**神权和**政权的思想，便带有较为明显的资产阶级性质。”

而太平天国过早失败的原因也很简单：过早建都丧失锐气。太平军攻克南京后杨秀清率文武百官迎洪秀全入城。遂决定建都于南京，并改南京为天京。在太平军攻占武昌时，就存在着去向问题，北进河南则威胁清京，东下金陵则有可能形成割据局面。如今太平军已顺利攻占南京，同样又存在着去向问题。如果以南京为根据地，然后向北发兵，把战略重点放在推翻清王朝上，这样的话，太平军就应集中精锐部队及最有权威的将领进入河南、河北、山东，兵锋直指清廷，这当是太平军攻占南京的战略抉择之一。如果过早在南京建都，太平军必然以保卫天京的安全为目的来部署一切兵力，革命的进攻阶段就会停顿下来，锐气就会减退。因此，在南京建都实在是犯了兵家之大忌。而这却是出自洪秀全、杨秀清的意愿。太平军离开广西之后，便有“取金陵为本”之议。杨秀清认为只要占领了南京，即使成不了事，也可占领黄河以南。洪秀全则多次称南京为“小天堂”，把“小天堂”作为奋斗的目标。在建都问题上，洪、杨都有偏安和及早享受的思想。

恩格斯曾经指出：“在战争中，尤其是在革命战争中，在没有获得任何决定性的胜利之前，迅速行动是一个基本规则。”占领南京当然不是决定性的胜利。洪秀全、杨秀清们理应略作休整之后，迅速行动起来，率主力部队越过长江，乘清军已如惊弓之鸟之际，向江北推进。时值三月，天气转暖，士兵生活容易适应，加上皖北、山东饥民甚多，太平军一到，饥民相率加入太平军，形势当会有重大发展。建都天京之所以是失策的，是因清政府还未推翻，革命的历程正急速地向前发展之时，突然停止了脚步，这就给清廷留下极大的喘息机会。清军在惊魂稍定之后重整旗鼓，很快在南京城外扎下了江南大营，使太平军的作战部署不得不以护卫天京安全作为主要任务。太平军战略上由主动进攻转为被动防御。太平天国的领袖们，由于贪图安逸而逐渐丧失了革命锐志。

农民阶级有先天局限。太平天国起义带有旧式农民战争的烙印。农民阶级的分散性、守旧性，以及眼光短浅等毛病，在太平军中都有突出表现。许多太平军将士参加革命都是出于生活所迫，希望改变贫穷落后的经济地位。用太平天国名将李秀成的话说，当时太平军将领号召“凡拜上帝之人不必畏逃”，可以“同家食饭”。这和旧式农民起义者的动机是一致的。许多太平军将士在参加革命队伍时，就是抱着当将军、当丞相、当夫人的目的来的。太平军将领也用这些来鼓动士兵英勇作战。如洪秀全在永安突围时，号召“男将女将尽持刀，同心放胆同杀妖”，因为这样做了，就能“脱尽凡情顶高天，金砖金屋光焕焕，高天享福极威风，最小最卑尽绸缎，男着龙袍女插花”。这样的许愿在杨秀清发布的布告中也出现过。为了达到这些不太清晰的目标，他们作战非常勇敢，作出很大的牺牲。他们付出的代价是惨重的，但最终总是归于失败，这是历史的规律，也是历史的局限。